San Juan fue fundada el 13 de junio de 1562 por el conquistador español Juan Jufré bajo el nombre de San Juan de la Frontera, a través del mandato de la vieja Capitanía General de Chile. A fines de 1593, Luis Jufré traslada la ciudad a su ubicación actual. «Hoy cumple 459 años».

El 13 de junio de 1562, Juan Jufré y Montesa, adelantado de la tercera corriente colonizadora que penetró en el territorio por el norte, fundó «San Juan de la Frontera», su actual capital en el valle del Tulum, en nombre de Francisco de Villagra, Capitán General de los Reinos de Chile y de su Majestad el rey Felipe II de España.

«San Juan» fue puesto en honor al Santo Patrono de Jufré, San Juan Bautista.

Para el repartimiento de tierras Juan Jufré utilizó un plano que consistía en un rectángulo de cinco manzanas (o cuadras) por lado y 25 en total. Cada manzana se hallaba dividida por dos ejes perpendiculares en cuatro solares iguales. El trazado de San Juan de la Frontera respondió al molde de las poblaciones españolas en las Indias, fijado en 1523 por la Real Cédula de Fundaciones.

El mismo año de la fundación, a pocos meses, Juan Jufré y algunos de los primeros pobladores, regresaron a Chile. Jufré nunca volvió a San Juan. Desde 1562 hasta 1594 San Juan tuvo su asiento en lo que hoy es Concepción, distrito del actual departamento Capital.

Juan Jufré, el fundador de lo que es hoy San Juan, falleció en 1578 en Santiago de Chile a la edad de 62 años, sus restos descansan en la iglesia de Santo Domingo de aquél país.